Сайдквесты рекомендуется проходить не раньше окончания одиннадцатой миссии (есть воздушный корабль, персонажи хорошо развиты). В игре 30 сайдквестов. Выполнять их можно в любом порядке, за исключением последнего (получение Albus; требуется пройденная на 92% игра, воздушный корабль, все купленные лицензии и App +300). Самый первый квест можно выполнить сразу после первой миссии. Также квесты - очень хороший способ зарабатывания хорошего оружия и денег (в наградах фигурирует лучшее оружие, лучший гражданский костюм и аксессуар Warrior's Spirit (Atk + 20, Eva +20, Agi +20), являющийся самым нужным боевым аксессуаром в игре).